水戸光園（徳川中納言光園）が、お供の助さん（佐々木助三郎）、格さん（渥美格之進）を従え、お忍びで諸国を旅する。行く先々で、悪事を働く連中に泣かされ悩まされる善良な市井の人々に遭遇。情報を収集（証拠を掴む）。悪人の行動が明らかになったところで、御一行の出番。大立ち回りが収まったところで、格さんが葵の印籠を取り出し「この紋所が目に入らぬか！」これで一件落着。笑顔とともに次なる旅路につくご老公たちであった…これが定型のストーリー。第29部では水戸黄門（石坂浩二）のトレードマークの口ひげがなかった！

「水戸黄門」は脇役キャラクターの宝庫。かげろうお銀（由美かおる）は、もともと黄門様にかけられた懸賞金目当てに登場した伊賀の藤林党。当時の相棒は、煙の又八（せんだみつお）。風呂に入るのは今でいう「おとり捜査」で悪人を安心させるため。うっかり八兵衛（高橋元太郎）は自称ご老公の毒見役。団子、魚が大好物。ピンチに馬区けつける忍びの男・風車の弥七（中谷一郎）。ご老公の旅路をサポートする忍びの系譜は飛猿（野村将希）を経て、現在の鬼若（照美）へと続く。歌の上手いメンバーも多く、土地の民謡を口ずさむシーンもしばしば。